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组织原位杂交(Tissue in situ hybridization）,即原位杂交组织化学技术和原位杂交细胞化学技术
原位杂交技术的基本原理
利用核酸分子单链之间有互补的碱基顺序，通过碱基对之间非共价键的形成，出现稳定的双链区，形成杂交的双链。
1.两条核苷酸单链片段，在适宜的条件下，通过氢键结合，形成DNA-DNA、DNA一RNA或RNA一RNA双键分子
2.应用带有标记的（有性同位素，如3H、35S、32P，荧光素、生物素、等非性物质)DNA或RNA片段作为核酸探针,与组织切片或细胞内待测核酸(RNA或DNA）片段进行杂交
3.用自显影等方法予以显示，在光镜或电镜下观察目的mRNA或DNA的存在与定位
用原位杂交术，可在原位研究细胞合成某种多肽或蛋白质的基因表达。
此方法有很高的敏感性和特异性，可进一步从分子水来探讨细胞的功能表达及其调节机制。已成为当今细胞生物学、分子生物学研究的重要手段。
核酸原位杂交可根据其检测物而分为细胞内原位杂交和组织切片内原位杂交；根据其所用探针及所要检测核酸的不同又可分为DNA-DNA, RNA-DNA, RNA-RNA杂交。但不论哪种杂交都必须经过组织细胞的固定，预杂交，杂交，冲等一系列洗步骤及自显影或酶法显色以显示杂交结果。
我们在这儿介绍的是整胚原位杂交，不同于一般的在载片上对细胞和组织切片进行探针杂交及检测的原位杂交，
生物领域应用原位杂交技术的例子：
基因表达和调控研究：原位杂交技术可以用于研究基因表达的调控机制。例如，可以标记特定基因的探针，检测该基因在不同环境、不同生长条件下的表达情况，进而研究其表达调控机制。
细胞分化与发育研究：在细胞分化与发育研究中，原位杂交技术常被用于检测和定位特定基因的表达情况，进而了解细胞分化的过程和机制。例如，可以标记与细胞分化相关的基因探针，检测该基因在不同组织、不同发育阶段的表达情况。